Según Martín Tenllado, lo único que se sabe de Juan de Villalobos es que era maestro de capilla de la Catedral de Almería y en 1599 pasó a la Colegiata de Antequera, Málaga, donde estuvo hasta 1600. Una obra (sin texto) atribuida a Villalobos fue insertada en E-GRcr 1 (fols. 34v-35r); la obra siguiente (o la segunda pars de la anterior), también añadida y sin texto, es probable que sea del mismo autor.

Marín López (2007), p. 326, nota 13, afirma lo siguiente: "Otro Juan de Villalobos, hijo del anterior, ejerció como maestro de capilla en las catedrales de Almería (1614-1628) y Guadix (1628-1633) y opositó sin éxito (1631) a la Capilla Real granadina, donde se han conservado una pieza sin texto. En Zaragoza se conserva un villancico a seis (Vuestros amores) atribuido a “Villalobos”."